אדמות עמק חפר, שבית יצחק נמנית על יישוביה, נרכשו בשנת 1927 ע"י הקרן הקיימת. רכישת האדמות מבעליהן הערבים התאפשרה ע"י תרומה גדולה של ההסתדרות הציונית בקנדה.בסוף שנת 1930 הוחל בישוב חבל ארץ זה.
המושב,בית-יצחק/שער חפר,מורכב, למעשה, מ-4 כפרים שונים, שעלו לקרקע בין השנים 1939-1941. הם גדלו והתפתחו זה בצד זה עד שהתמזגו למושב אחד גדול.
באירופה – מראשית שנות ה-30 מתעצם כוחה של המפלגה הנאצית בראשותו של היטלר. בראשית 1933 מתמנה היטלר לקנצלר של הרייך בגרמניה. היהודים,כמו מיעוטים נוספים אחרים, מוכרזים כאויבי האומה הגרמנית. מוטלות עליהם הגבלות שונות, רבים מהם מועברים למחנות עבודה וריכוז ונעלמים.
הקרקע, הבוערת מתחת רגליהם של יהודי אירופה, מחזקת את התנועה הציונית ופעילותה בקרבם. כך, ב-1933 מתקבלת ההחלטה בקונגרס הציוני ה-י"ח, שנערך בפראג, להקים משרד מרכזי ליישובם של יהודי גרמניה בא"י. בראש משרד זה עומד ארתור רופין.
באותה שנה, 1933, נחתם "הסכם ההעברה" בין ממשלת גרמניה לבין נציגי הסוכנות היהודית, על פיו כל מהגר יהודי רשאי לקחת עימו סכום של 1000 ליש"ט בעוזבו את גרמניה.
ב-14.06.1939 מתאספים כ-20 גברים ונשים לבושים חגיגית על הגבעה בבית יצחק (שעליה מאוחר יותר נבנה מגדל המים). זוהי קבוצה של אנשים בני המעמד הבינוני שבאו מערים ומעיירות שונות בגרמניה. הם הצליחו להוציא איתם סכומי כסף קטנים מגרמניה כדי לבנות לעצמם חיים חדשים בארץ ישראל.
הגבעה, שעליה עמדה קבוצה זו, נבחרה ע"י הגברת גרטרוד פוירינג. היא חיפשה מקום מתאים למימוש צוואת בעלה ,יצחק : "לייסד קרן בסך 10000 ליש"ט כבסיס למטרה ציונית מוגדרת שתיקבע על ידה". היא בחרה להקדיש את הכסף להקמתו של כפר, שיישא את שמו- "בית יצחק".
ב-23.03.1940 עלו לקרקע והחלו בונים במו ידיהם את בתיהם. הוקם הרחוב הראשון"וילהלם שטראסה",ובמשך הזמן הוקמו מגדל המים (שעד היום מהווה את סמלו של הכפר), מכולת, גן ילדים ועוד. התושבים התפרנסו מחקלאות: גידול עופות, רפתות, ירקות ומטעים.
היא עסקה בעיקר בהתיישבות חבריה. בין השאר ייסדה את הערים נתניה, אבן יהודה ועוד ופעלה עד מלחמת העולם השנייה. באותה תקופה, כאשר "רסקו" פעלה לבניית ישובים ליהודי אירופה, פתחה אגודת בני בנימין בהרשמה להקמתה של נקודת התיישבות חקלאית בעמק חפר. נרשמו 40 משפחות. ב- 15.01.1940. עלו לקרקע 15 משפחות מן הנרשמים והקימו את "גן חפר". היו אלה משפחות של ילידי הארץ, דור שני לאיכרים מפתח תקווה, ראש העין, יסוד המעלה, נתניה ועוד, דוברי השפה העברית ובקיאים בעבודת החקלאות.
בשנת 1938 נכנסו הגרמנים לחבל הסודטים. על יהודי חבל ארץ זה הוטלו גזרות כפי שהוטלו על יהודי גרמניה. רבים מיהודי צ'כוסלובקיה הבינו כי תוך זמן קצר גם הם לא יוכלו להמשיך בשגרת חייהם השלווה, וגורלם יהיה כגורל יהודי גרמניה. לחברת "רסקו" היו משרדים גם בעיר פראג, והיא הציעה ליהודי צ'כוסלובקיה להקים כפר חדש בארץ ישראל – "בית יצחק" יהיה שמו. 37 משפחות,בני המעמד הבינוני, נענו להצעה. חיסלו את עסקיהם, גייסו את 1000 ליש"ט, שנדרשו לקבלת "סרטיפיקט" מהמנדט הבריטי, ועלו לארץ. למרבה אכזבתם "בית יצחק" כבר אוישה ע"י יהודי גרמניה זמן קצר קודם לכן. חברת "רסקו" חיפשה להם כפר מתאים אחר להתיישב בו.
בשכנות לבית יצחק, בגן חפר, נותרו מספר בתים לא גמורים של תושבי "גן חפר". רסקו רכשה בתים אלה עבור משפחות העולים מצ'כוסלובקיה. אלה קבלו דוגמא מחבריהם בבית יצחק – גם הם הקימו אגודה שיתופית חקלאית וועד מקומי. נבחר שם לכפר החדש "שער חפר", שכן הוא שכן בפתחו של עמק חפר. כך, לאורך קילומטר אחד, שכנו שני כפרים בעלי שם דומה כל כך ואופי שונה כל-כך.
המהנדס הצ'כי, פילוש ביהם, סבר כי ייקשה על אנשים בני המעמד הבינוני להתקיים מחקלאות בלבד וכי רצוי לשלב תעשיה ביישובם. כמו כן חשב על רעיון של "מושב שיתופי" שיתבסס על שטחי חקלאות משותפים, תעשיה ומשקי עזר קטנים ליד כל בית. בין בית יצחק ושער חפר נותר שטח לא מיושב . בסוף שנת 1940 החלו לבנות בית חרושת לאריגים וכן בתים ל-19 משפחות עולים מצ'כוסלובקיה. בשלב הראשון הגיעו למקום 5 בנים ובנות ,חניכי עלית הנוער, והם הכשירו גינות ירק קטנות ליד כל בית. כאשר עלו התושבים לקרקע ב-14.01.1941 מצאו ליד בתיהם גינות ירק קטנות ושכנים דוברי שפתם. הייתה זו צורת התיישבות יוצאת דופן, שזכתה להתעניינות רבה בארץ.
אמנם היו כאן ארבע מסגרות שונות, אך גם הרבה משותף היה ביניהם. כבר בשנת 1941 הוצע לאחד את שתי האגודות החקלאיות לאחת, אך האסיפה בשער חפר דחתה הצעה זו.
עם הזמן נוצרה ביניהם עזרה הדדית והחלו בגידולים חקלאיים משותפים. "גן חפר" התמזגה עם "שער חפר" והתרבו הקולות שדרשו מיזוג האגודות החקלאיות של בית יצחק ושער חפר. בנובמבר 1943 הוקמה ה"אגודה החקלאית השיתופית בית יצחק/ שער חפר".שני הכפרים המשיכו לשמור על ועדים מקומיים נפרדים. ביניהם שכנה נירה, שלה הייתה אגודה חקלאית משותפת עם כפר ידידיה ושמרה על ייחודה ועצמאותה המוניציפאלית.
בשנת 1951 התאחדה נירה רשמית עם שער חפר וחדלה להתקיים כמושב עצמאי. האגודה החקלאית המשותפת שלה עם כפר ידידה התפרקה. תושביה החלו לנהל את ענייניהם הכלכליים עם האגודה השיתופית בית יצחק-שער חפר.
עם תום מלחמת העולם השנייה הוקמו בבית יצחק 6 צריפים קטנים – מיועדים לקליטתן של אנשים משארית הפליטה מאירופה ועולים מארצות ערב.
עם קום המדינה, בתחילת שנות ה-50, עם גבור העלייה לארץ, הוחלט על הרחבת היישוב ועל קליטת 70 משפחות עולים. במערב הכפר הוקם רחוב ובו 70 נחלות. בנחלות אלו נקלטו תושבים מעולי אירופה, פרס, עירק וילידי הארץ. נחלות אלו היו אמנם שייכות מוניציפאלית בחלקן לבית יצחק ובחלקן לשער חפר, אך נקלטו כולן באגודה החקלאית השיתופית. הם עסקו בחקלאות ובתעשיות הנובעות ממנה (ריבות 778 וגבינות הולנדיות-אחים מאיר).
בשנת 1954 נוסד הישוב גנות הדר ע"י יוצאי ארצות הברית בני המעמד הבינוני.הישוב היה בתחומי המועצה המקומית בית יצחק (ביחד עם כלא נווה תרצה). עם הצטרפותה של בית יצחק למועצה האזורית עמק חפר נפרדה ממנה גנות הדר והצטרפה למועצה האזורית שרון דרומי.
עם הרחבת הכפר, נוצר צורך בהקמת יחידות נוספות, שאינן חקלאיות בלבד. באותה תקופה קמו בארץ "משקי עזר" רבים וכך גם אצלנו. במזרחו של הכפר הוקם "השיכון"-שיכון משקי עזר. לכל יחידה הוקצבו עד 1.5 דונם. במשך הזמן מנה השיכון 80 יחידות, בהם התיישבו חיילים משוחררים בני הכפר, ותושבים יוצאי תפוצות הגולה השונות.
למרות מיזוגן של האגודות החקלאיות והשכנות הטובה בין כפרים, החיים החברתיים והמוניציפאליים נשארו נפרדים לחלוטין. בית יצחק מאז ומתמיד הייתה מועצה מקומית עצמאית, ואילו בשער חפר היה ועד מקומי במסגרת המועצה האזורית עמק חפר. עם הקמת השיכון הפכה בית יצחק לכפר מעורב, שבו חלק מן התושבים אינם בעלי משקים ולכן גם אינם חברי האגודה השיתופית החקלאית. שער חפר-נירה נשאר כפר, שבו כל התושבים הם בעלי משקים וחברי האגודה השיתופית החקלאית.
שיטת המיסוי הייתה שונה – בבית יצחק שולמו המיסים עפ"י גודל הבית, ואילו בשער- חפר היה המיסוי אחיד.
במשך השנים הועלו מספר פעמים הצעות לאיחוד הוועדים המקומיים, אך הצעות אלו נדחו בנימוקים שונים. בשני הכפרים היו בתי-עם נפרדים, צרכניות, בתי דואר, מרפאה וכו'. כל כפר הקפיד על אירועיו החברתיים. אמנם מדי פעם היו "הפקות משותפות" - אך כל כפר שמר בקנאות על ייחודו המוניציפאלי והחברתי.
בשנת 1963 לאחר ויכוחים קשים, ובברכת משרד הפנים, חדלה ה"מועצה המקומית בית יצחק" להתקיים והמושב צורף רשמית למועצה האזורית עמק חפר. עוד 9 שנים של ויכוחים ודיונים חלפו עד שאוחדו שני הוועדים, ושני הכפרים הפכו למושב אחד גדול–בית-יצחק/שער-חפר.
בשנות ה-70 בוצעה הרחבה נוספת של 17 יחידות דיור דו-משפחתיות, שנועדו בעיקר לבני המקום.
בימים אלו מתבצעת הרחבה נוספת של כ-150 יחידות דיור בנות 500 מ"ר כל אחת. כך מקומץ משפחות הופך בית יצחק-שער חפר למושב גדול בן 680 משפחות.